Après la loi de séparation des Églises et de l’État (décembre 1905), le gouvernement anticlérical décide de reprendre les bâtiments qui abritent les séminaires, considérés comme ayant un caractère illicite.

Le 29 janvier 1907, 800 hommes de troupe (118e régiment d’infanterie), 100 gendarmes à pied, 120 gendarmes à cheval et une section du 6e génie d’Angers investissent le petit séminaire de Pont-Croix et en chassent le supérieur et les professeurs. Les élèves sont partis depuis plusieurs jours.

Selon le journal clérical ʺL’Indépendant du Sud-Finistère‶, une foule immense acclame les martyrs expulsés comme des malfaiteurs. Ces actes ignobles sont dignes d’un peuple de sauvages.

Le lendemain 30 janvier au matin, les belligérants se retrouvent devant le grand séminaire de Quimper. Alors que, tenue à distance, la foule chante Nous voulons Dieu suivi de Parce Domine, la porte ne résiste pas aux hommes du Génie. Pour avoir osé reprocher au préfet sa sale besogne, MM. de la Rivière et de Pompéry sont arrêtés et condamnés l’après-midi à huit jours de prison avec sursis. Expulsés, les séminaristes et leurs professeurs se retrouvent avec les fidèles à la cathédrale où Monseigneur Dubillard les attend. Les larmes aux yeux, ils redoutent de nouvelles épreuves.

Plus tard, l’armée occupe le bâtiment avant qu’il devienne un collège technique puis un lycée.